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Les Académiciens discutent de l'accès libre

22
juin
2007

Hourrah, nos (vieux) Académiciens des sciences se préoccupent des nouveaux enjeux de l'édition scientifique, notamment l'accès libre (open access), et mettent en ligne les vidéos du colloque consacrées à ce sujet ! Quelques remarques, à lire en sus du compte-rendu d'Affordance.

Un débat intéressant : la place du facteur d'impact dans l'évaluation des chercheurs. Pierre Joliot s'est ému (1'53'') de ce qu'un indicateur quantitatif si mécanique puisse dire s'il est un bon ou mauvais chercheur, sachant d'expérience que ce qu'il (et Etienne Joly, un autre intervenant) considère comme ses meilleurs articles sont finalement les moins cités. Deux réponses à cela :

le facteur d'impact n'a jamais été un indicateur de qualité mais bien de visibilité : plus vous êtes cité, plus vous êtes visible et vice-versa (notamment parce qu'on peut être cité pour de bonnes ou mauvaises raisons) ;
si le facteur d'impact ne peut juger de la qualité d'un article, si même aucun indicateur quantitatif ne le peut, un Homme le peut-il ? Ce que Joliot considère comme ses meilleurs articles sont les plus originaux, explique-t-il. Les plus novateurs. Un pair (disons quelqu'un qui évaluerait le travail de Joliot ou son équipe pour le compte du CNRS) qui passerait en revue la bibliographie de Joliot s'arrêterait-il sur cette poignée d'articles encore incompris ou bien considèrerait-il que les autres sont les plus marquants ? Je penche pour la deuxième solution, ce qui me fait dire que malgré son imperfection, l'analyse des citations (quand elle est bien menée et interprétée) ne fait que reproduire le comportement d'évaluation des chercheurs. Logique, puisque c'est finalement ce qu'ils font tous les jours quand ils décident de citer un tel ou un tel !

En fait, si la qualité perçue par les pairs est empiriquement corrélée au nombre de citations reçues, celui-ci est bien plus significativement corrélé à la faible créativité — c'est à dire que les articles ne rentrant pas dans les cadres conceptuels existants ou dans les normes sociales en cours dans un domaine académique^[1] sont moins cités. Peut-être justement, expliquent les auteurs de ce travail, parce qu'ils sont moins utilisés, et donc moins visibles rajouterais-je.

Un autre débat intéressant : comment suivre le volume exponentiel de littérature produit ? Le représentant de PLoS met en avant les capacités présentes ou à venir de la fouille de texte et de données, notamment sur la base Pubmed Medline. Etienne Joly, lui, conseille l'utilisation d'outils comme Faculty of 1000 ou les alertes de citations fournies par Thomson/ISI. Autant de services payants… Pas un mot sur le web 2.0 et l'intelligence collective — gratuite — façon suivi des articles les plus populaires sur CiteULike par domaine ou des articles les plus blogués sur Postgenomic. Des outils à améliorer, certes, mais déjà utiles !

Enfin, une information importante que j'ignorais (10' 47'') : à partir de 2008-2009, le dépôt des publications dans l'archives en accès libre HAL sera rendu "indirectement obligatoire" par l'INSERM. En fait, cela signifie que, dès cette date, ne seront regardés pour la création des unités que les articles qui y sont déposés. On peut imaginer en effet le temps gagné lors de l'évaluation des chercheurs si les publications sont toutes regroupées au même endroit et librement accessibles ! Décidément, on n'aura de cesse de trouver des avantages à l'accès libre aux résultats de la recherche (que ce soit l'auto-archivage par les auteurs ou les revues en accès libre)…

Notes

[1] W. R. Shadish, D. Tolliver, M. Gray et S. K. Sen Gupta (1995), "Author judgments about works they cite: Three studies from psychology journals", Social Studies of Science, 25: 477-498 (DOI)

Antoine Blanchard

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Fraude, publication, pratiques de recherche : comment les pièces s'imbriquent

in Science

23
mar.
2007

La structure d'un blog, sa parcellisation en billets, rend difficile la vision synthétique. Ainsi, j'ai pu parler ici de PLoS ONE, là du peer-review, ici des difficultés à intégrer la réplication des résultats dans le cours normal de la recherche, là de la fraude, ici des protocoles expérimentaux bien différents de la réalité. Bien-sûr, on obtient une image assez large des défis de la science aujourd'hui mais plus un puzzle qu'un tableau de Hopper.

©© INTVGene

Le prétexte à rassembler toutes ces pièces dipersées m'est fourni par un article de Nature publié en juillet 2006, sur lequel je suis retombé récemment. Comme quoi, il est bon de lire et bookmarker une première fois pour mieux y revenir ensuite par sérendipité... Dans cet article, le journaliste Jim Giles aborde un grand nombre de thèmes et fait le constat suivant (ma traduction) :

Il y a quarante ans, l'immunologiste et Prix Nobel Peter Medawar déclarait que tous les articles scientifiques étaient frauduleux, dans le sens où ils décrivent la recherche comme un doux passage des hypothèses aux conclusions en passant par les expériences, quand la réalité est toujours moins nette que cela. Les commentaires, blogs et trackbacks, en élargissant le domaine de la publication au-delà des limites de l'article traditionnel, pourraient rendre la littérature scientifique un peu moins frauduleuse dans le sens de Medawar comme dans le sens plus général. Ils pourraient aussi aider les nombreux scientifiques frustrés qui luttent pour reproduire des découvertes alors que, peut-être, ils ne devraient pas se donner tant de mal. La réplication, malgré toute son importance conceptuelle, est une affaire sociale, chaotique (messy) ; il se pourrait qu'elle ait besoin d'un médium social, chaotique.

Une profession de foi que je fais mienne, assurément !

J'ai aussi récemment vu une exhortation à publier des thèses controversées dans des journaux en accès libre, en l'occurrence PLoS ONE, afin qu'elles puissent être discutées ouvertement et sérieusement : le physicien atypique Vincent Fleury est ainsi apostrophé par OldCola (pseudonyme d'un biologiste). Une autre convergence entre préoccupations finalement pas si éloignées...

Antoine Blanchard

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PLoS ONE, deux mois après

in Communication

19
fév.
2007

Le 20 décembre dernier était donc lancé PLoS ONE, revue scientifique hétéroclite dont les articles sont à peine évalués par les pairs (uniquement pour trier le grain de la mauvaise ivraie), sorte de "bazar" où le lecteur doit se repérer, commenter, recommander etc. L'ambition était grande dans un monde académique qui peine à sortir de la recommandation a priori par la notoriété des revues (facteur d'impact) et la relecture par les pairs.

Un mois et demi après, quel bilan peut-on tirer ? Est-ce que les lecteurs se sont appropriés les articles qui leur sont livrés en pâture ? Il semblerait que oui ! Ainsi, la revue Science (excusez du peu !), dans son numéro du 2 février, présentait un article de PLoS ONE comme "choix du rédacteur en chef" (editor's choice). Moins institutionnels, les blogs participent aussi à faire ressortir certains articles et à entamer la discussion. Selon Postgenomic, qui agrège près de 700 blogs scientifiques, ce sont au moins 25 articles qui ont été remarqués (parfois très brièvement). Du côté des outils sociaux, au moins trois articles de biologie ont attiré l'attention des utilisateurs de CiteULike et au moins cinq autres articles ont été bookmarkés sur Connotea...

Il ne reste plus qu'à inventer un système pour regrouper en un seul endroit tous ces commentaires dispersés. On peut songer aux trackbacks, selon un modèle proche de celui d'ArXiV, où les commentaires de blogueurs ont déjà permis d'améliorer substantiellement un article. En attendant, il faut naviguer entre ces sites, voire souscrire au flux de Postgenomic. Mais la visibilité des articles publiés "en vrac" par PLoS ONE existe bel et bien, et le tri par les lecteurs en fonction de l'intérêt propre de l'article et des centres d'intérêt de chacun semble fonctionner.

P.S. Sans doute ce billet fournira-t-il quelques réponses utiles à cet internaute qui est arrivé chez moi après avoir cherché articles publiés par plos one dans Google. Preuve que le besoin est là mais que pour trouver où ces articles ont été commentés, il faut déjà savoir où chercher...

[Mà J 20/02, 7h20] : Comme le souligne Chris Surridge sur le blog de PLoS, un des articles qui a été le plus remarqué ne possède qu'une discussion, renvoyant en fait vers un billet du blog "Gene expression" ayant 25 commentaires ! Il y a donc du travail pour regrouper et fluidifier tout cela...

Antoine Blanchard

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Le premier barreau de l'échelle qui grimpe vers les sommets de la science

in Général

26
sept.
2006

Bien qu'il est facile de promouvoir partout que l'accès libre aux résultats de la recherche profite à tous, le grand public a souvent des difficultés à "rentrer" dans un article scientifique. On peut considérer que c'est aussi le cas des scientifiques étrangers au domaine, ou qui s'en sont éloignés depuis longtemps etc.

Or la revue Public Library of Science Biology (évidemment en accès libre) propose une solution intelligente en accompagnant tous ses articles de recherche, techniques et ardus, de "synopsis" écrits par des écrivains scientifiques. Ainsi, cet article sur la signalisation du stress chez les diatomées (algues unicellulaires) s'accompagne de son synopsis, au même titre que cet article sur la manière dont nous apprenons des mouvements de notre corps et intégrons les informations spatiales et motrices correspondantes.

Ce petit pas, plus méthodologique que technique, pourrait se révéler plus important qu'il n'en a l'air. Comme le ridicule premier barreau de l'échelle sans lequel on ne peut monter tout en haut, il permet véritablement à tous de grimper vers les sommets de la science en marche...

N.B. Les articles pris en exemple ici ne l'ont pas été par hasard, les personnes à qui ce clin d'oeil s'adresse se reconnaîtront !! ;-)

Antoine Blanchard

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Accès libre aux résultats de la recherche : des articles scientifiques pour tous !

in Général

13
juil.
2006

Le modèle de publication dit de l'open access, ou accès libre aux résultats de la recherche, fait passer la charge du financement des lecteurs aux auteurs. Ainsi, ce qui ne change pas grand chose pour les organismes de recherche (les dépenses sont juste transférées du poste de la bibliothèque à celui des équipes de recherche), représente un bond en avant pour l'accès à l'information scientifique : désormais, une part grandissante de la littérature scientifique peut être lue sans contraintes, partagée, traduite, réimprimée, reprise etc. grâce à des licences très souples type Creative Commons. Une utopie dont Gutenberg et Paul Otlet n'auraient même pas osé rêver !!

Ainsi, Lionel Suz, médecin à la Réunion et dont le blog s'étend longuement sur l'épidémie de Chikungunya, a pu — sans être chercheur et avoir accès à une bibliothèque universitaire — rendre compte d'un récent article paru dans Public Library of Science Biology sur le séquençage de différentes souches du virus chikungunya isolés dans l'Océan Indien. Et c'est ainsi que de proche en proche, par relais et traductions interposées, d'Internet aux disques durs et supports CD, le contenu d'articles scientifiques primaires peut se disséminer... La même revue PLoS Biology rapporte d'autres exemples, comme cet article scientifique ayant reçu une couverture médiatique importante (Time magazine, Die Zeit, Al-Jazeera) et téléchargé des dizaines de milliers de fois. Bien plus que le lectorat habituel d'un article scientifique ! Ou encore, cet article paru en anglais et qui a pu être traduit en espagnol pour être publié dans un magazine argentin sur l'environnement !

Antoine Blanchard

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La science, la cité